資源・エネルギー関係              
水資源開発公団→水資源機構(平成15年10月1日独立行政法人化)
緑資源公団(旧/森林開発公団 旧/農用地整備公団)緑資源機構(平成15年10月1日独立行政法人化)
石油天然ガス・金属鉱物資源機構 (平成16年2月29日独立行政法人化)
電源開発株式会社
新エネルギー・産業技術総合開発機構(平成16年10月1日独立行政法人化)
日本原子力研究所
核燃料サイクル開発機構
地域振興 域 振 興
地域振興整備公団 
中小企業基盤整備機構(平成16年7月1日独立行政法人化)
都市再生機構(平成16年7月1日独立行政法人化)
沖縄振興開発金融公庫
北方領土問題対策協会(平成15年10月1日独立行政法人化)
奄美群島振興開発基金
道路関係
日本道路公団
首都高速道路公団
阪神高速道路公団
本州四国連絡橋公団
交通関連(道路除く)
 鉄道建設・運輸施設整備支援機構
(平成15年10月1日独立行政法人化)
新東京国際空港公団
日本国有鉄道清算事業団(廃止)
帝都高速度交通営団→東京地下鉄株式会社(東京メトロ)(平成16年4月1日新会社へ)
関西国際空港会社
JR7社
環境
環境事業団 環境再生保全機構(平成16年4月1日独立行政法人化)
公害健康被害補償予防協会
療・年金・社会福祉
社会福祉・医療事業団→福祉医療機構(平成15年10月1日独立行政法人化)
年金福祉事業団 (→平成13年4月1日解散)→年金資金運用基金 (平成13年4月1日、名称新たに設立)
(※また、「年金資金運用基金」は平成18年4月に廃止され、新たに「年金積み立て金管理運用独立行政法人」が新設される予定。
簡易保険福祉事業団(→平成15年4月1日解散。同事業団の保有金融資産は日本郵政公社に継承される。)
社会保険診療報酬支払基金
農林漁業団体職員共済組合
農業者年金基金(平成15年10月1日独立行政法人化)
勤労者退職金共済機構(平成15年10月1日独立行政法人化)

労働・中小企業
農畜産業振興事業団→農畜産業振興機構(平成15年10月1日独立行政法人化)
中小企業総合事業団 (旧/中小企業事業団)
労働福祉事業団→労働者健康福祉機構(平成16年4月1日独立行政法人化)
雇用・能力開発機構  (旧/雇用促進事業団)(平成16年3月1日独立行政法人化)
金融
日本政策投資銀行旧/日本開発銀行北海道東北開発公庫
国際協力銀行(旧/日本輸出入銀行海外経済協力基金
商工組合中央金庫
国民生活金融公庫(旧/国民金融公庫環境衛生金融公庫
農林漁業金融公庫
中小企業総合事業団(旧/中小企業信用保険公庫中小企業事業団、繊細産業構造改革委員会)→中小企業基盤整備機構(平成16年7月1日独立行政法人化)
中小企業金融公庫
住宅金融公庫
公営企業金融公庫
通信・放送
(旧)国際電信電話株式会社(現/KDDI) (平成10年7月30日完全民営化)
日本電信電話株式会社(NTT)
日本放送協会
東日本電信電話株式会社
研究
宇宙開発事業団→宇宙航空研究開発機構(平成15年10月1日独立行政法人化)
科学技術振興事業団→科学技術振興機構(平成15年10月1日独立行政法人化)
国民生活センター (平成15年10月1日独立行政法人化)
理化学研究所 (平成15年10月1日独立行政法人化)
日本労働研究機構→労働政策研究・研修機構(平成15年10月1日独立行政法人化)
学術・芸術
日本私立学校振興・共済事業団(旧/日本科学振興財団私立学校職員共済合
日本育英会
国立教育会館 (→平成13年4月1日解散)
日本芸術文化振興会(平成15年10月1日独立行政法人化)
日本学術振興会
放送大学学園
心身障害者福祉協会→国立重度知的障害者総合施設のぞみ園(平成15年10月1日独立行政法人化)
国際
国際協力事業団→国際協力機構(平成15年10月1日独立行政法人化)
国際交流基金(平成15年10月1日独立行政法人化)
日本貿易振興会→日本貿易振興機構(JTRO/ジェトロ)(平成15年10月1日独立行政法人化)
国際観光振興会 →国際観光振興機構(平成15年10月1日独立行政法人化) 
公営ギャンブル
日本中央競馬会
地方競馬全国協会
日本自転車振興会
日本小型自動車振興会
日本船舶振興会
日本体育・学校健康センター(サッカーくじ)→日本スポーツ振興センター(平成15年10月1日独立行政法人化) 
その他
日本たばこ産業株式会社

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